1054年，东西方教会发生一次大分裂。
1504年罗马大主教利奥九世派了枢机主教宏伯特至东罗马协调罗马教会与君士坦丁堡教会的分歧，但双方谈判失败。宏伯特大怒，颁布敕书，宣布把君士坦丁堡主教赛鲁拉留斯破门（逐出教会）。
赛鲁拉留斯也不示弱，当众把罗马送来的敕书点火烧了，也宣布把罗马大主教破门。此事在基督教历史上史称“东西教会大分裂”。标志着统一的普世基督教正式分裂为罗马公教（天主教）和希腊正教（东正教，东方教会）两大流派。
东正教在宗教思想上较多地保存了古代犹太教的传统，在生活方面则受亚细亚—希腊文化的影响较多。
西方教会，其宗教思想和宗教生活则更多地接受拉丁民族和日耳曼民族的影响。
此后，经过长期的发展过程，东西方教会的分歧愈来愈明显尖锐。
东方教会使用希腊文传教，其宗教理论具有神秘主义的特点；西方教会使用拉丁文，宗教理论则具有世俗化和法律化的特点。
在宗教和国家关系方面，东方教会受国家的控制，君士坦丁堡皇帝被神化，成为教会的最高首脑。
西方教会则形成了独立的教皇国，最高宗教首脑为教皇。
教皇的权力不仅限于教皇国，他还利用分布在西欧各国的教会势力，代表上帝册封各国封建主，干涉各诸侯国内政，与各国君主争夺或分享统治权。
东西方教会最大的分歧是对教义认识的不同。
西方教会的基本信条是“三位一体”，即圣父、圣子、圣灵三者是一体的，圣父生圣子，圣父和圣子共发圣灵。“三位”之间有严格的区别，不可混淆；但又是同性、同体的，彼此无大小尊卑之别，同等重要。即所谓一个上帝，三个“位格”。并认为这是神圣的奥秘，只有通过上帝的启示来信仰，而不是人的理性所能理解的。
东方教会则认为，圣子（耶稣基督）是人，不是神，系由上帝所“造”，其品级低于上帝。
东西方教会关于耶稣基督属性之争长期不能解决，导致双方分歧的扩大，预示着东西方教会分裂的不可避免性。
4、5世纪以后，东西方教会由于教义信仰而引发的各种宗教斗争层出不穷。
8世纪至9世纪中叶，东西方教会因圣像崇拜问题展开了旷日持久的斗争，双方互相攻伐，严重对峙。
11世纪，西方教会经过改革，克服了内部危机，加强了力量，在东西方教会斗争中逐渐占据上风。
1053年，教皇利奥九世和君士坦丁大教长米海尔·凯鲁拉里的斗争达到白热化。凯鲁拉里写信谴责利奥九世为异端，利奥怒不可遏，立即复信，对凯鲁拉里进行反击，并宣称使徒“彼得建立的宗座（罗马主教）高于君士坦丁堡及其他一切宗座（主教），高于一切教会。因此关于礼拜仪式和信仰问题，罗马主教（教皇）的裁决，高于所有人。”
1054年，利奥和凯鲁拉里互相宣布开除对方教籍。
从此以后，东西方教会正式分裂了。
分裂后的东方教会自称为“正教”，亦被称“东正教”或希腊正教；西方教会自称“公教”、“罗马公教”，亦音译为加特力教。
天主教教会分裂后，东西方教会逐渐形成各自的教会体制（即教阶制）。
西方教会形成独立的封建神权教皇国，教皇为最高首脑，从教皇直到地方。一般神职人员形成了一整套教阶体系：主体由主教、神父、助祭三个品位组成。主教以其职级复分为教皇、枢机主教（又称红衣主教，由教皇任命组成教皇国中央机构——罗马教廷，分掌教廷各部和一些国家重要教区的领导权）、首主教（即首席主教，为一国教会之首）、都主都（首都所在地的主教）、总主教（又称大主教，掌一省的教权）、主教（掌管教区）。
神父（神甫），正式品位称司铎（司祭），协助主教管理教务，通常为一个教堂的负责人。
东正教的牧首虽有较高的地位，被东方各国教会尊为“全世界的圣者”，但各国教会自成体系，对君士坦丁堡没有隶属关系，它们都是独立的平行的教会。
但东正教会与其所在国家的关系则不是独立的，它们奉国家君主为教会首领，教会从属于政府，这和西方的天主教会有很大的不同。
