《万历15年》一书颇知名，但该书全然不知道起于万历年间的一系列灾变。
明末鼠疫，又称明末华北鼠疫、京师大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝
崇祯帝在位期间中国北方出现的大鼠疫。
明代中期以后中国进入了一个空前少雨的年代，出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。波及华北数省的大鼠疫首先在山西爆发。
明末大鼠疫开始于崇祯六年(1633年)，地点是山西。崇祯十四年传到河北，并随着李自成和清朝的军队传到更多的地区。崇祯十四年(1641年)，鼠疫传到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫
这场大鼠疫是的“街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万。”北京在1643年的8月到12月间，保守估计死亡人数已高达全城的五分之一。所以当次年的4月，李自成攻进大明帝国的都城北京时，他面对的是一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。
上海交通大学历史学系教授曹树基根据华北地区明朝末年地方志以及一些明代人的记录，在其论文《鼠疫流行与华北地区社会的变迁》中，首次提出了明末席卷华北地区的瘟疫实际就是鼠疫。近十年之后，他与李玉尚合著《鼠疫：战争与和平》，对前期的研究做进一步的完善，提出了“老鼠亡明”的观点。
异常寒冷的气候频繁引发水灾、旱灾、蝗灾、鼠疫等，成为波及全国范围的大瘟疫，形成“水旱灾——饥荒——瘟疫”的恶性循环，,成为明王朝崩溃的根本原因。
历史记载，自明嘉靖始，明朝与蒙古边境之间常有变乱，致使许多汉人被俘或逃往蒙古草原，大面积的牧场被开垦为农田，改变了牧场的生态环境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空间被压缩，人与鼠接触的机会大大增加。
气候异常
同时，明朝末年恰又是旱灾频发的年代，万历期间曾有过三次大旱且均引发瘟疫;崇祯十四年，再遭大旱且历时4年。旱灾肆虐，逃荒保命的不只是难民，老鼠也需到处寻找食物，较大数量的老鼠进入人类的居住地也就顺理成章了。鼠疫杆菌通过寄存在它们身上的跳蚤将病毒传染给了难民，而难民的迁徙流动又使病毒延伸到更大的地域。华北地区作为明末农民战争后期的主战场，天灾人祸并至，明末大瘟疫正是在这样的背景下开始酝酿。
1618年，万历46年，广东下起了大雪，这标志着“小冰河时期”的开始，从这时开始中国遭到了持续干旱和低温的侵袭，到1638年，崇祯11年，漕河干枯，1640年，崇祯13年，黄河干枯了，而长江和淮河竟然已经全部封冻。朝末年中国内地大部分地区进入小冰河时期，全国性的旱灾蝗灾和鼠疫长年反复上演。对于一个庞大的农业国家根本无力抗拒这种打击。伴随着自然灾害而来的是内部的暴动，东北和西南地区发生的叛乱。
崇祯10年-14年，中国华北地区连续4年大旱。崇祯14年，在山西北部一个春季干旱荒野上的午后，一只因为体内鼠疫菌正在大量繁殖，而堵塞消化道无法吸血的跳蚤，跳上一只灰老鼠身上拼命的叮咬它，这时大量的鼠疫菌进入被叮咬的灰老鼠体内。于是鼠疫菌在这个身材比跳蚤大无数倍的新家更加快速的繁衍，十多个小时以后，灰老鼠开始出现高热症状，它的内脏开始溃烂出血。在灰老鼠死时，它体内的大量鼠疫菌开始转移到附件的其他老鼠身上，随后从一个老鼠家庭向另外的老鼠家庭传染。
常年干旱食物减少，老鼠们身体虚弱，免疫力下降，很快整个地区，都布满了鼠疫菌。干旱缺水也导致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。
很快成群结队的带菌老鼠由于高热导致身体炎热难忍，它们到处寻找水源拼命的喝水。于是为了寻找水源，老鼠们集体出发，开始了向四面八方
搬家的历程，在这个旅程中更多被感染的老鼠加入了搬家大军。
崇祯14年夏天，中国内地突然出现大群大群的老鼠互相咬着对方的尾巴成群结队渡过江河险阻，进入安徽，河南，河北等诸省。
50%的崇祯年份都是大旱，大旱造成粮食大幅度减产，国民体质严重下降，卫生条件极度恶化。在这一年崇祯14年，中国内地还是普遍大旱，在河北春季几乎无雨，老鼠大军找不到水喝继续向更南的南方进军。
同时饥荒中慌不择食的人们开始偷吃老鼠藏在洞里的食物，吃成片死在路边的老鼠，横扫全国的鼠疫大爆发终于开始了。于是在中国的史书上留下了，崇祯14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶。广平府大饥疫，人相食。京师大疫，天津大疫。河南全省大疫，开封府阳武县死者十九，灭绝者无数。荣阳，民死不隔户，三月路无人行。
山东青州，济南，德州，泰安相继发生大疫。安徽大疫，青蝇大如枣，凤阳府，安庆府，庐州府相继被鼠疫攻陷，死者最多的地方死亡人口达到90%，于是庐州府，就是现在的合肥一带，民有绝户，繁华大街如同静夜，无人行走。
流民因素
气候变化还会导致瘟疫的流行。由于大规模的流民出现，瘟疫在明代后期也日益猖獗。据《明史》记载，从1408年到1643年，发生大瘟疫19次，其中1641年流行的一次瘟疫遍及河北、山东、江苏、浙江等。
当时著名医学家吴有性在《瘟疫论·原序》就着重指出：“崇祯辛已(1641年)，疫气流行，山东、浙省、南北两直，感者尤多。至五六月益甚，或至阖门传染。”
一个化名为“花村看行侍者”的明代
遗民是这场1643年京师大瘟疫的亲历者，在他的回忆录《花村谈往》中，他一口气举出了几个耸人听闻的突然死亡的个案。
一名官员前一刻还和同僚喝茶打恭时，后一刻就“不起而殒”了;两个人一前一后骑马聊天，后面的人刚叙话几句问前面那个人，却发现这人已经“殒于马鞍，手犹扬鞭奋起”;最令人骨栗的恐怕是两个小偷的诡异之死：一家富人在瘟疫中全家死绝，于是这两名小偷打算发一笔横财，这二人约定一个在屋檐上接应，一个下到房中将偷来的东西递上来，结果下面的人递着包就突然猝死，而上面的人在接的时候也染上瘟疫毙命，死的时候，这两个小偷手里还攥着偷来的包袱。
有的新婚之家，新婚夫妻一起死在婚礼上，有人骑马而行，正在说话，后面的人已经死去。
有一个叫吴彦升的官员，刚准备去温州赴任，他的一个仆人死了。他命另一仆人去棺材店买棺材，久久不见回来，原来竟然死在棺材店里。有一对新婚夫妇，婚礼之后，夫妇坐于帐中很久没有出来，打开帐子一看，夫妇两人死于床的两头。只有鼠疫才能有如此烈性威力。
明末的大鼠疫深刻地改变了社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。据史学家不完全统计，明朝末年关内各省全部人口大约是1亿人口，万历和崇祯年间两次鼠疫大流行中，华北陕、晋、冀3省死亡人数至少在千万人以上。北京人有四分之一被鼠疫夺去生命，20万人命赴黄泉。时人记载崇祯16年“疙瘩病”“羊毛瘟”盛行，呼病即亡，不留片刻，八九两月，死者数百万。而据曹树基估计，明末的崇祯年间，死于鼠疫流行核心区即山西、直隶、河南三省北部的疫死人口，要占到这三个省总人口的三分之一。而根据外国学者估算，明末经过持续的干旱，蝗虫，鼠疫，天花和饥荒造成全国损失了40%的人口，整个国家元气大伤。就是到1651年，清朝顺治8年，全国也仅有1036万壮年男丁，全部人口在6000万左右。
4-8月滴雨不下，飞蝗遮天，鼠疫大军攻入江苏，浙江，嘉兴府桐乡县居民90%被感染鼠疫，蛆虫从房子里一直爬到街道上。邻近的湖州府则损失了30%的人口，民众无病而口中吐血而死，民多投河自杀，哭声震天。
灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭
，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。
明朝灭亡
对于大明王朝灭亡的原因，史学界一直存在争议。一般认为是李自成推翻的，满清人在后面撬墙脚。也有的认为是大明朝廷内部出了问题。坏在宦官和政治腐败上。这些观点可以说“是”，也可以说“不是”。
如果跳出史学，从流行病学的角度分析，问题便很简单了——鼠疫，是鼠疫直接导致天下大乱。崇祯年间的大鼠疫，间接造成了北京的沦陷与明朝的灭亡。
明末爆发的“疙瘩瘟”，就是所谓的“鼠疫”，因为从发病到死亡既烈且急，所以有时也被称为“电击性鼠疫”。鼠疫分为“腺鼠疫”和“肺鼠疫”两种，前者死亡率达50%-90%，而后者死亡率几乎高达100%。非常不幸的是，崇祯十六年的京师大瘟疫，很可能是这两种鼠疫同时肆虐的结果，所以死亡率才如此之高。较之关内闯献作乱，关外满清南下，这场鼠疫大爆发才是名副其实从内部断送帝国国祚罪魁祸首。
据台湾著名明史专家邱仲麟的估算，自鼠疫始至李自成攻破北京，约20万北京人殒命，占当时北京总人口的1/5到1/4。在这样的情况下，驻守京师的明朝军队自然无法幸免。据历史记载，当时驻守京师的军队有10万人，大疫过后，仅余5万多人。、
加之，明末军队腐败严重，军心本就涣散，经此大疫，更是溃不成军。李自成率军攻打北京城时，当时的守城将官不得不低声下气求人守城，仍“逾五六日尚未集”，最后连三四千宫中的太监都上了城墙。1644年3月，大顺农民军兵临城下，此时，北京内城上平均五个城垛才有一个士兵，瘟疫中的守城明军“鸠形鹄面，充数而已”。这样军队，抵挡不住李自成的精锐之师。疫病肆虐的北京城，是大明朝最后的仰仗，崇祯帝可能从未料想京师会如此快速沦陷，自己连从容出逃的时间都没有，最后不得不自缢于煤山槐树之下。也许，连闯王李自成也没有想到可以如此轻易地拿下北京城。
纵横帝国内部的鼠疫，也间接摧毁了帝国的边防系统，比如明军最精锐部队云集的九边重镇中的大同，山西，蓟州、宣府等镇在明末改朝换代的巨大社会变革中，根本就没有发挥出作用。大疫，南北数千里，北至塞外，南逾黄河，十室鲜美一脱者。纵横帝国内部的鼠疫，也间接摧毁了帝国的边防系统，比如明军最精锐部队云集的九边重镇中的大同，山西，蓟州、宣府等镇在明末改朝换代的巨大社会变革中，根本就没有发挥出作用。在跟着闯王有饭吃口号下，远近灾民纷纷加入李自成的队伍，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑。
现在需要关外明军尽快击败包围锦州的八旗军，随后调入关内平乱。于是皇帝连续发布密令要前线明军尽快出战，速战速决。最后在崇祯14年的秋季，冒然出击的明军战败，多年累积的全部精华丧尽。
最后皇帝催促陕西大帅孙传庭立刻出战剿灭李自成。这时的孙传庭处于苦于鼠疫横行，人死过半，根本无法征收税粮，军队缺乏口粮的困境。最后孙传庭带领饿七扭八歪的大军穿过潼关战败身亡。《明史》云“传庭死而明亡矣”。
这北京大疫之下，侥幸存活下来的士兵们“衣装狼狈，等于乞儿”。士兵们全都身体虚弱的坐在地上休息，以致鞭子的抽打都不能让他们站起来。以至于李自成轻易的就夺取了北京城。明末农民起义军领袖李自成最后失败的真正原因一直是个历史之谜。百余年来，专家们对此有多种解释，有的说他败于不得人心，有的说他败于骄傲自满，有的说他败于腐败。也有人指出，李自成的百万大军亡于鼠疫。
1644年是一段令人惊奇的历史，在这一年，北京这座千年古都里，风云变幻，永昌元年，顺治元年，崇祯十七年。一年内紫荆城的龙椅上共坐了三位皇帝，戏剧般的出现了“你方唱罢，我方登场”的场面。
然而作为大明防守最坚固的北京城，却被农民军李自成三天不到就被拿下。
李自成入北京后屁股还没坐热，又弃城西走，于是北京城门户大开，最终让关外的清军渔翁得利。这中间到底发生了些什么？今天就来说说这其中不为人所知的秘密！
据史料记载：崇桢十六年，大疫，南北数千里，北至塞外，南逾黄河，十室鲜一脱者。参考《明史纪事本末》
从崇桢六年起至崇桢十七年，以山西地区为起点，中国北方地区发生了一次规模巨大且极严重的鼠疫灾害。此次疫情之重，几乎消灭了整个北至蒙古地区，南至黄河沿岸的大部分人口。
史学界普遍认为，明朝末年那场席卷华北地区的鼠疫，是压倒明朝的最后一根稻草，其中最具争论的是上海交通大学历史学系教授曹树基与李宇尚提出“老鼠亡明”的观点。
参考资料《《鼠疫流行与华北地区社会的变迁》》《鼠疫：战争与和平》
鼠疫亡明
万历八年（1580年），“大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”。
同年，在太原府（治今太原）的太谷县、忻州、苛岚州及保德州都有大疫的记载。次年，疫情传至辽州（治今左权），再传至潞安府（治今长治），瘟疫随着时间的推移扩散了。 这次瘟疫，其时称为大头瘟，其症状主要为“头疼身痛，憎寒壮热，头面颈项赤肿，咽喉肿痛，昏愦”等，其中“头大如斗”较为明显。
瘟疫给山西、河北造成了极惨重的后果。光绪《顺天府志》卷六九《灾祥》载：“万历十年四月，京师疫。通州、东安亦疫。霸州、文安、大城、保定患大头瘟症死者枕藉，苦传染，虽至亲不敢问吊。” 显然万历十年，河北
地区发生的瘟疫其传染性强人人唯恐避之不及。在疫区，死亡人口约占总人口的40％，如真定府（治今正定）新乐县，“万历十年春夏大头瘟疫，民死者十分之四”。此疫不仅造成人口大量死亡，并且传入了北京。
至于大头瘟属于现代医学何种疾疫，尚未有定论。但从传染性强，死亡率高这两点来分析，疑为鼠疫。
“东死鼠、西死鼠，人见死鼠如见虎”，鼠疫是人类历史上最重要的烈性传染病。当时人们不知道传播途径，因为每次流行都见到死耗子，知道和耗子的死亡有关系，因此得名鼠疫。二百五十年后，日本人北里柴三郎和法国人耶尔森从香港鼠疫病人身上分离出一种杆菌，证明这种杆菌是鼠疫的病源，人们才开始对鼠疫有了认识，并且找到了防止手段。可是在当时，面对鼠疫，人们无能为力。
面对突如其来、不明底里且无药可治的鼠疫，在那时被成为“天”的意志的体现。因此，人们多将此症称为“天行瘟疫”或“天疫流行”。这里的“天”成为一个不可知世界的代名词，意味着对自然的顺应和尊重，而且还意味着对自然界一切不可知事物及不可抗拒力量的屈服。
曹树基在《鼠疫流行与华北社会的变迁》一文中考察分析了万历、崇祯年间山西、河北、河南三省鼠疫两次大流行及其生态背景和社会环境，认为嘉靖时期汉族移民开始对山西长城口外的蒙古草原实施移民开垦，扰乱了乌兰察布高原长爪鼠鼠疫源地长爪沙鼠的生态环境，人、鼠接触增多，染疫的可能性随之增加，万历九年自大同开始的鼠疫大流行很可能与汉族移民的这一活动有关。据他估算，明末鼠疫大流行中华北三省死亡人口合计超过千万，而明王朝恰恰是在灾荒、民变、鼠疫和清兵的联合作用下灭亡的。
从崇祯六年（1633年）开始，华北鼠疫又开始了新一轮的流行。这次爆发地点仍是山西。一条来自山西兴县的报告说：崇祯“七年八年，兴县盗贼杀伤人民，岁馑日甚。天行瘟疫，朝发夕死。至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”，“朝发夕死”、“一家尽死孑遗”。
崇祯十四年七月，鼠疫再一次传入了北京城。崇祯时人刘尚友在《定思小计》一文中追述北京城中的情况时说：“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，亦半日死，或一家数人并死。”“疙瘩”是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼。崇祯十六年夏秋间发生的腺鼠疫至十七年春天转化为肺鼠疫。北京城中的人口死亡率大约为40％甚至更多。
在李自成进入北京之前，北京城已经鼠疫横行。谷应泰在《明史纪事本末》中说当时“京师内外城堞凡十五万四千有奇，京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴诀羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充”。京营兵士在遭受鼠疫侵袭之后，元气大伤。以至于北京城墙上，平均每三个垛口才有一个羸弱的士兵守卫，怎么能抵挡李自成精锐之师的进攻。事实上，北京城是不攻而克的。
李自成攻克的北京实际已是一座恐怖的疫城。如一份清代档案就提到崇祯十六年北京城的大疫情：“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”。抱阳生在《甲申朝事小计》卷六中提到崇祯十六年二月的北京城，“大疫，人鬼错杂。薄暮人屏不行。贸易者多得纸钱，置水投之，有声则钱，无声则纸。甚至白日成阵，墙上及屋脊行走，揶揄居人。每夜则痛哭咆哮，闻有声而逐有影”。
直到清兵入关的次年，华北日趋风调雨顺，大范围的鼠疫流行已慢慢平息下来。
