共济会的历史可以大致分为七个发展时期，即：
①创世纪——人类农耕文明的兴起，为传说时期
最早起源时期并没有可考的古文献与实物资料，因此只能从圣经旧约与亚特兰蒂斯等神话故事传说中来推测。
②人类农耕文明的兴起——基督教被定为罗马帝国的国教，为母体时期
这一时期随着人类古代建筑与工艺科技的萌芽到比较成熟，有组织的共济会雏形才开始出现，通过观察当时人类的几何学发展可以看出他们的思想根源与早期发展过程，而古代几何学正是近代科学的起源。同样的，与古代几何学有紧密联系的古代神秘学科也是一个重要的共济会思想源头，后来上升为神秘主义的宗教哲学流派。
③基督教被定为罗马帝国的国教——十字军东征，为蛰伏时期
古代科学与神秘主义被主流思想压制的情况当时在几个主要的古文明地区都比较普遍，在欧洲是受到基督教的影响；中东是伊斯兰教的影响，但是情况要比欧洲的好些；南亚的情况最好，因此保存了大量相关知识，是近代神秘学复兴的一个重要来源；在东亚则是儒学取得了统治地位。
④十字军东征——启蒙运动，为复兴时期
随着欧洲政治格局的改变与宗教形式的重要转变，终于酿成了长达三百年的十字军东征，十字军东征非但没有拯救教会，反而将其推向了深渊：这场运动壮大了欧洲的经济与政治实力，宗教的影响力越来越小，文艺复兴标志着中世纪宗教文化时期的结束，大航海开启了16世纪的宗教改革，并且为资产阶级的壮大打开了一条宽阔的道路，隔离打破，迈出了全球化的第一步。同时自然科学与神秘学开始复兴，并且基于数字几何学的现代科学开始从神秘学中独立出来。在17世纪当时最大的神秘学团体蔷薇十字会对石匠行会的影响，最终让中世纪的“行动性”共济会演变为致力于社会改革的近代“思想性”共济会。
⑤启蒙运动——欧洲民族资产阶级国家确立，为成熟时期
近代共济会产生后第一步就是如火如荼地推广启蒙运动，同时在英格兰诞生了联合大会所，完善的近代共济会体制开始在18世纪形成。这一时期共济会的主导力量是从中世纪的神秘学大师转为了资产阶级贵族阶层。资产阶级的壮大最终摧毁了欧洲的封建君主制，并且随着殖民扩张，摧毁了亚非美的一系列古王国。接下来的几个世纪，伴随着几次工业革命，人类的社会生活与思想面貌发生了巨变。
⑥欧洲民族资产阶级国家确立——两次世界大战，为分化时期
19世纪，资本主义世界市场形成，社会的风气开始堕落，社会阶级矛盾开始激化。欧洲的民族资产阶级国家相继确立，但是各个资产阶级政权都是自顾自的，对共济会的社会理想不予理睬，加上各种神秘学社团与思想流派的兴起，这些因素都造成了近代共济会的内部分化， 最终酿成了1877年的东方共济会与不列颠共济会之间的大分裂。
⑦两次世界大战——现在，为衰落时期
二战之后的共济会持续着四分五裂的状态，同时许多会所也背离了原宗旨，出现了一些社会丑闻而被指责，其影响力也越来越弱。但是如果他们能够正确的改革自身以适应新时代，在将来的复兴也是很有可能的。
【【【①传说时期】】】
就我对古代神话传说的研究来看，在那些神话传说中，有些故事是寓言，有些故事是来自真实历史事件的演变。
《圣经·创世纪》里面上帝七天创造世界与亚当夏娃被逐出伊甸园，都是对生命进化的一种隐喻表述。
基督教普遍认为撒旦的同伙“古蛇”萨迈尔是引人堕落的始作俑者，它给人类带来知识，因此如果说共济会崇拜撒旦或者路西法，那么这也是正确的。不过就“与耶和华敌对的这班人”其性质来说，就该另当别论了，很显然，基督教对其是照表面意思来理解的，且带着浓重的感情色彩，对这伙人大加贬低，毫不留情。
该隐、亚伯、赛特，应该分别指的是人类意识里面，或者说进化过程中的三种基础形态。该隐象征其中的技术性层面，偏向工艺科技方面，代表人类农业的发展，人类从原始游牧的狩猎部落脱离出来，开始了种植，并且掌握了许多工具，这是进入文明的第一步，因此该隐是大儿子，亚伯是牧羊的，表示之后的牧业、养殖兴起。亚伯的贡品受耶和华喜欢，说的是游牧文明的原始性与狩猎形态的接近，也表示，“耶和华”（自然规律）本身排斥人类掌握它，但是又说耶和华不允许杀该隐，表明对工艺科技的掌握与发展，也是人类进化的必然性，无法阻止（该隐，也就是那些天文学、几何学、数学的知识，这些正是共济会的最主要特点——对工艺科技的崇拜，理神论）。该隐杀了亚伯，就表示农业文明对游牧文明的入侵。创世纪第五章第17节，描述了该隐后代的活动——建立城市、发展手工艺、对冶炼金属、纺织、音乐的掌握。当然，对这些知识的掌握与发展导致了“大洪水”，让他们毁灭了。而第三子赛特的出现，当然也是后来大洪水之后人类的祖先，表示圣经告诉人类，应该选择这条中间的路途，不要像亚伯那样一直保持原始，那样会被掌握科技的部落杀死，也不要迷信科技，那样会被自然规律的反作用所毁灭，而最好的进化发展方式，就是有进取心，同时又对神有所尊敬，依自然规律来发展，进化。
而共济会自称是该隐之后，其欲表达的意思应该是说，共济会是这种进化方式的推动者，亦是宇宙伟大建筑师所赐给人类知识的保管者。
“……这伟大的学问究竟从何而来？听吧，如同《创世记》第四章中记载的那样，早在大洪水之前有一个名叫拉麦的人，他是该隐的后代。拉麦有两个妻子，一个叫亚大，一个叫奇拉。亚大生了两个男孩，他们是雅八和犹八，奇拉生了一个男孩和一个女孩，他们是土巴该隐和拿玛。这四个人象徵着人类对自然科学的探索：雅八是第一个研究“地理”的人类，他将家养山羊和野羊群分并且第一次使用石材和木材建造房屋；犹八是世界上第一个音乐家；土巴该隐发现了冶炼钢铁的技术；最小的妹妹拿玛发明了纺织技术……”
“……四兄妹知道自己对自然的探索会引起神的震怒，宇宙的伟大建筑者必将以水火惩罚窥视神之秘密的人类。在洪水来临之际，他们为了让伟大的学问流传人间，特地将知识镌刻在两根石柱之上，其中一根称为‘亚伯’——它不会因火而毁坏，另一根称为‘拉特拉斯’——它不会毁于水中。其中一根石柱终于被一个人发现，他是三重伟大的赫尔墨斯（Hermes Mercurius Trismegistus），将伟大的学问的一小部分传授给人类。（赫尔墨斯为埃及神明透特的希腊名，是埃及智慧神，其人在传说中为自然科学和自然哲学的大宗师、现实身份和神话中的身份已经不可分，通常被作为自然科学的一种拟人化）……”
以上这段话来自共济会对自己起源的一个传说，四兄妹的年代应该指的就是柏拉图口中的亚特兰蒂斯时期。
在这个神话中，四兄妹的的角色与以诺是一致的。在圣经传说中，以诺是个重要人物，其名字含义为“传授”或“教导者”，显然是代表了教师，带来知识学问的人。他生活在大洪水之前，是在当时堕落的人们中，唯一一个仍然对神虔诚的，有一个版本提到，灾难将临前，是他建立了保存人类知识的双石柱。而在这两个版本中的双石柱都可能是象征含义，分别表示人类品质中的理性与道德。后来，这双石柱成为了共济会圣殿中很重要的一部分。另外，其可能与在印度与波斯的古代雅利安神明——密特拉、埃及智慧神透特/赫尔墨斯是同一批人，就是大洪水之后亚特兰蒂斯的幸存者。
关于人类文明的亚特兰蒂斯与外来说：
再来看亚特兰蒂斯，不管是什么资料来源，比如古希腊的柏拉图《理想国》，还是培根的《新亚特兰蒂斯》或者新纪元运动中的外星人通灵资料，都将亚特兰蒂斯描述为一个以高度的科技为特征的文明，而其毁灭也是于此有关。新纪元运动里面通常的说法是: 因某些亚特兰蒂斯的掌权者将科技用在了负面的途径，最终导致了自我毁灭。那次毁灭性的灾难难以想象，结果是人类文明的大倒退。灾难过后的幸存者组成了秘修团体，分别前往中美洲的玛雅、北非的埃及、两河流域的苏美尔、印度，以及中国，并谨慎地帮助这些地区进入了农业文明。
实际上有没有亚特兰蒂斯都无所谓，如果假设曾经存在亚特兰蒂斯文明，同样的进化过程可以套用在亚特兰蒂斯文明的兴起上，而后来这些兄弟会的理念就是用这些传承自远古的奥秘知识，把人类引领入又一个黄金时代。
同样的，如果是说人类的知识来自于外星人的传递，那么这些演化过程也可以套用在那些地外文明的起源上。
另外，从诺斯底的“灵魂堕落说”的神学观念来看，来自柏拉图传说中的“亚特兰蒂斯”也有可能并非是指一个曾经有着高度科技的史前文明，而是指一种人类曾经有的精神状态，但是当人类的灵魂来到了这个物质世界，并沉迷于其中后，就失去了曾经的那种能力，这就是“堕落”的来源。
【【【②母体时期】】】
概论：
要想理清这一时期的共济会（祖先）是什么状态，重点要看古代人类几何学与神秘主义宗教的发展情况。
人类文明的起源：
共济会也是人，所以要追溯其起源，不得不先从人类的起源开始，首先是从大概六七万年前的人类祖先走出非洲的时候开始说起，那个时期是现代人，作为与动物有所区别的人类的正式诞生。
从孱弱的体质开始，弱者的物质条件很差，与当时其他族群唯一的优势就是人类会思考，人类要不停的想办法如何保证自己族群能够生存下去。思考，就像多米诺骨牌一样，于是他们站了起来，这手部变得灵活，然后让他们懂得了使用工具。利用工具，他们也懂得了如何人工取得用火种。使用火以后食物发生了改变，这让他们的大脑越来越先进，处理抽象概念的能力越来越强。站得高-望得远，他们懂得了世界其实很大，所以不必局限在一个地方，那些冒险的基因就开始出现，带着我们的祖先们到世界的各个角落去探索。当人类祖先的足迹遍布到全球，他们停下来以后，他们又开始了进一步的思考，开始思考不存在的概念，思考自己与自然的关系，这就出现了最早的宗教的观念。
那个时候还是狩猎时代，很长一段时间，人类最早期的宗教都是万物有灵（泛神论），那时候的人类认为，整个大自然就是上帝，每一件物体，每座山、每条河、每棵树都有神性（可以参考中国盘古的神话故事）。现在几乎所有现存的狩猎民族仍然是万物有灵的宗教观，这一系列信仰被归类为萨满教，在19世纪的欧洲则是以泛神论的哲学思想而再度复兴。
随着全球气候的转变，上一次冰河期结束后，曾经的大片冰原变成了一望无际的草原，于是人类又向更广大的地域扩散，草原不同于森林，他们开始了养殖，渔猎型社会后来演化成了基于养殖的农业与牧业，最后促成了人类农耕文明的兴起：社会结构组织化，掌握了部分自然科学的知识。定居的需要促进了建筑学，建筑学带动了几何学的发展，对种植的需要促使人们对自然科学进行探索；社会机构从松散的部落形态开始有组织化，变得复杂，最后形成国家与不同的社会阶层；在神学观念中，随着对自然界的适应能力提高，人类认识到自己潜在的力量，于是人不想再为神的奴仆，不再对其以一种敬畏的态度，开始要与其平起平坐，于是神秘学出现，就是要如何将人类自身变得愈加完善，以至于能够自主的主导自身的演化方向，最后演变为那些追求与神合一的神秘主义宗教。
当时负责这些领域的人，就是各早期文明里的那些祭司阶层，也就是那个时候人类社会里的最高知识分子，这类人集书写员、建筑师、占星师、医生、教师于一身，同时也是领导阶层。他们是当之无愧的该隐之后，继承了这些能够通晓自然科学的能力。
由狩猎到农耕的这期间，产生了人类对个体特性的觉察的重要转变，这就诞生了私有的观念，于是金钱交易取代了以物易物；也造成了个体对权力的关注，但是这个时期的人类仍然是以血缘族群为个体的最高利益，因此不同的部落之间就产生了战争，那些征服与被征服的观念、操控的观念，就产生了奴隶制国家，这时候人类由母系进入了父系文明。
巴别塔的传说：
《创世记》第10章和第11章：
洪水消退之后，神因挪亚的虔诚而喜悦，并且决定不再毁灭人类。然而人类并没有忘记对神之领域（自然科学）的探索，在复兴之后，大多数人类仍旧十分愚昧，只有石工（Mason）仍旧掌握着自然科学和几何学的秘密，根据这些知识他们知晓了人只不过是神的“不完善的复制品”。石工们发现如果通过自身努力，就可以克服人类自身的精神和肉体上的缺陷，从而回归神的领域。
挪亚的不孝之子中有一个儿子叫古实，古实有一个儿子叫宁录（Nimrod，传说中最强大的猎人），宁录是巴比伦的国王。当时石工们从四面八方聚集到巴比伦，开始建造一座通天塔，也就是传说中的巴别塔（Turris Babel）。宇宙的伟大建筑者这一次采用了一种幽默的手法进行惩罚，搅乱了他们的语言，于是他们荒废了造塔的工程而散布到世界各地……
这之后，石工们从此不再将伟大的学问透露出去，他们组成秘密结社，采用口令暗号和秘密的握手方式表示身份、同时区分在团体中的级别和工作中的职务。这些“自由石工”在耶路撒冷建造了所罗门王的神殿，他们在古希腊被称为丢尼修建筑团，他们在中世纪为基督教徒建造教堂和各种大型石造建筑。石工们严守组织秘密，在建筑工地旁开设的集会所（Lodge）进行聚会，交流知识，他们信奉宇宙的伟大建筑者，通晓宇宙天文、人体解剖学、几何学的浩瀚知识，他们互相称为“兄弟”，奉行兄弟友爱、同舟共济。
===苏美尔/巴比伦===
公元前4000年是共济会纪年法的开端光明之年，符合这个时间点的是苏美尔文明的最早时期，而苏美尔又是人类最早的文明社会，因此，他们的意思就是说，共济会是给人类带来了文明的那批人。
苏美尔文明时期出现了人类最早的城市与文字，苏美尔在天文学与数学、农业上有初步的成就，但是其建筑技术不及后来的巴比伦与古埃及。
巴比伦人将苏美尔的宗教神话继承，并且影响了犹太人的神话。工艺科技上与苏美尔相比，他们在数学上有所成就，比如发现了勾股定理、三角函数等；同时受到了波斯密特拉信仰的影响，对岁差的掌握让他们发展出了早期的占星术这一重要的神秘学系统。
===古埃及===
古埃及是几何学的一个发源地。这些知识发展了古埃及人的高度建筑技术与天文学。而后来旧世界各古文明的石匠组织就是传承自修建大金字塔的那些建筑师，他们带着古埃及的几何学知识去了希腊罗马、土耳其、叙利亚、巴比伦和波斯、印度等地，中世纪欧洲的石匠工会最后演变为共济会。
并且，古埃及也是神秘学的重要起源地，而金字塔的最初作用就是治愈人的心身灵，它的位置在地球的一些特殊点，在神秘学里面，那里是地球的能量汇聚点，通过其特殊的建筑结构，让治疗者经历一种心身灵的蜕变，也就是复活。
共济会的第三级启蒙复活仪式就是来自于大金字塔内的古老启示：
经历仪式的新会员被蒙住双眼来到一间暗室，左裤腿与右衣袖挽起，脖子上套一绳索，名为“牵引绳”，由三个叛徒朱比拉（Jubela）、朱比罗(Jubelo)、朱比伦（Jubelun）牵往圣坛，途中三个叛徒向希兰索要秘诀，希兰说圣殿完工之后再告诉他们，然后希兰被杀害，三个叛徒将希兰抬到圣坛前，那里有三盏蜡烛，接下来希兰将复活，去掉蒙眼布，看见三盏烛光（有的地方改为用锤敲击三声），并且说：
“Ma’at-beb-men-aa,Ma’at-ba-ma”
(这是古埃及语，英语为：Great is the Master of Ma’at ,Great is the spirit of Ma’at
意为：伟大的是真理的主人，伟大的是公正的灵魂。其中的Ma’at直译为“有序而对称”，也就是正义、真理、公正），这时候新加入的会员就完成了启蒙仪式，成为正式的共济会会员。
希兰•阿比夫的故事被许多共济会所认为是共济会的最早起源，希兰是第一位石匠大师傅，其中的所罗门神殿则是一种形而上的比喻，如同蔷薇十字会的“圣灵之馆”一般，来自于大金字塔内的启蒙仪式，后来演变为法老们的授神仪式。在共济会员眼中是圣殿就是他们人格修炼的目标，即获得终极启示——灵性开悟，也是诺斯替主义里面的诺斯（Gnosis，灵知、真知）。
而有的学者称，仪式中修建所罗门圣殿的希兰•阿比夫，就是来自上埃及底比斯的法老赛格嫩拉（Sequenenre,前1545）而赛格嫩拉被谋杀的原因是入侵下埃及的喜克索斯人法老阿波比（Apopi）想要知道成为欧西里斯之子——荷鲁斯的授神仪式，6个世纪以后，已成为犹太人一部分的喜克索斯人，将古埃及人的神话纳入圣经，赛格嫩拉成为建筑所罗门圣殿的希兰•阿比夫（详情参考《亚特兰蒂斯蓝图》一书）。
另外一个源自古埃及的神秘学系统就是塔罗牌体系，最初的塔罗被古埃及人拿来作为理解生命进化的蓝图，而非后来的占卜。
他们的宗教长期为多神教主导，只有在阿肯那顿的宗教改革时，形成了不同于往的一神论，独尊太阳神拉。
基督教兴起后，埃及成为重要的基督教学派交流中心，广为古埃及人后代们所接受，并且他们挺过了伊斯兰化时期，成为现在埃及信仰基督教东方教会的科普特人。
===波斯/印度===
琐罗亚斯德教与印度宗教的共同起源就是密特拉（mitra），密特拉信仰现代的学者对其了解非常少，大多数只是知道他是契约之神，但是这个“契约”有个更深层次的含义，那就是代表了地球的分点岁差运动，分点岁差让地球生命的进化产生周期性的规律，这种现象被当时的人类发现，然后影响了人民的宗教观念，这种信仰就是基于一种周期循环的宇宙观，这种观念启发了南亚宗教中的轮回转世观念、巴比伦的占星术、古埃及复活的观念、波斯宗教与亚伯拉罕诸教中的“弥赛亚”（包括拜火教的索什扬[Soshyan]、犹太教的弥赛亚救世主、基督教的基督再临、摩尼教的光明耶苏、伊斯兰教的马赫迪）、还有中世纪阿拉伯的炼金术（象征符号为衔尾蛇Ouroboros）等。
而后来被琐罗亚斯德宗教改革之后的拜火教，是最早的组织化宗教，它强烈地影响了中东亚伯拉罕一神教的体系，比如其中弥赛亚救世主的观念、基督教三位一体的观念，都是来源于拜火教。
南亚印度的宗教几乎清一色的神秘主义倾向，这就给了神秘学发展的土壤，且有很大成就，其主要成就为人体脉轮的修炼，并且影响了犹太教与早期基督教。
而佛教的教义——开悟，在进入中东与欧洲之后演变为“与神合一”的神秘主义教条，尤其是诺斯替主义的早期，他们同样的排斥物质世界。
而与佛教同期诞生的耆那教，主张苦修主义，在许多教义上与佛教没什么区别，但是他们的一个特色就是很低调，这点类似中国的道教。
===以色列===
犹太人在与阿拉伯人分化之后，他们自身并未取得什么几何学与工艺科技的发展，建筑的艺术都是由其他文明的人来帮忙，比如所罗门圣殿就是去找推罗城的腓尼基人来帮忙的。他们的成就主要在于神学的发展，是最早脱离了原始的多神崇拜信仰，但是其中的迷信成分也很多（比如“上帝选民”的观念，让其流传仅局限在犹太民族之内）。
虽然犹太教是一神论，但是其独一神——耶和华仍然是一位有着喜怒哀乐的人格化上帝，其教义也仍然未脱离善恶对立的二元论宗教观，这有一部分波斯琐罗亚斯德教的影响，尤其是在前586年的巴比伦之囚时期，并且接受了巴比伦与波斯的神秘学，尤其是巴比伦占星术，返回迦南之后。又结合了古埃及的塔罗系统，最终发展成他们自己独特的神秘学系统，也就是卡巴拉-生命之树（卡巴拉的思想基本上源于犹太圣经，现在体系完善于13世纪以后，暂不确定卡巴拉的最早形式是否包含占星与塔罗的成分）
这部分密教犹太就是艾赛尼派，他们是神秘主义，学习占星、卡巴拉生命之树的神秘学知识，以及对人的内在与外部的大环境之间的关系也有很深刻的认识。最终，对神秘学的研习使其后来完全脱离了古代犹太教。
而艾赛尼派在接受了印度宗教的影响后就就形成了早期基督教。
===腓尼基与希腊罗马===
借助航海家兼建筑师的腓尼基人，他们的航海与经商能力很强，还有就是高超的建筑技术（著名的推罗城），希腊罗马的那些宏伟的神庙与精巧的雕刻技术，尤其是文学艺术都是受到他们的启发。公元前15世纪左右的最强盛时期，他们将埃及的透特秘学知识（在希腊改名为赫密士，也就是后来的神秘主义哲学——赫尔墨斯主义，在罗马叫墨丘利。）、几何学知识，与美索不达米亚的神秘学、宗教传播至希腊，是古希腊数学的重要起源，希腊人将其兴盛，取得了很多成就，毕达哥拉斯学派也继承了一些腓尼基人的宗教元素，（腓尼基人崇拜金星，而金星崇拜起源于苏美尔的伊斯塔尔女神，金星在天空中划出的五芒星变成为毕达哥拉斯所崇拜的数字五的起源，而伊斯塔尔来到希腊后被分成了智慧女神雅典娜与美神阿芙洛狄忒），毕达哥拉斯学派将几何学的知识上升到了神学的层面，这就是共济会的“宇宙间最伟大的建筑师”的起源。
其中还有一个影响源流就是来自波斯的密特拉，由于是由经巴比伦而辗转传播入希腊罗马，而带了许多占星学的成分，由于时间正好恰逢占星纪元里面金牛座纪元的结束，因此在希腊罗马化之后，密特拉神又有了一个新形象，便是杀牛者。在希腊，密特拉等同于赫利俄斯（Helius），太阳神的地位，实际上这个所谓的太阳神并非指的是表面我们的太阳系的这个太阳，而是背后那个看不见的太阳——岁差之神，其原始意义并未有很大改变，后来希腊人将其占星学的成分发扬光大。
密特拉传入罗马的时间较晚，仍为太阳神的形象，密特拉信仰随着罗马军队的征战一直延伸到了不列颠。实际上罗马人对神的信仰在所有古代民族里面是最“差劲”的，他们对神的信仰是一种交易，最后的目的都是为了服务人类自己，因此在在罗马帝国接受基督教之后，对犹太人对神的那种“迷信”是不屑一顾的，于是他们“引导”了基督教的教义，更扭转了基督教的命运，完全让神为人服务。并且罗马人也并没有完全放弃对密特拉太阳神的崇拜，因此耶稣的生日被他们定为了12月25日，也就是圣诞节，这天其实是密特拉的诞生日，要是更准确点应该是12月21日冬至日，那天是正确的岁差之神的诞生之日。
对后来传入的基督教产生影响的另一个神秘学派别就是艾留西斯秘仪（Eleusinian Mysteries），他们是后来欧洲基督教神秘主义的起源之一。
腓尼基人与希腊人后来都被罗马人所打败，在基督教传入希腊，古典文化彻底毁灭后，那些数字几何学的知识就被石匠们（丢尼修建筑团）所保存。
===华夏===
根据1734年共济会宪章的描述，其中有一支石匠在巴别塔之乱后的大迁徙时代，将一些知识带到了南亚与东亚。很可能指的就是伏羲女娲的时代，他们是中国神秘学的始祖，伏羲氏应该是一个神秘学团体，他们创造了《易经》，发展出了八卦系统、中国独特的占星术系统、五行学等，后来兴起的 墨家 很可能是对伏羲氏的继承，因其对自然科学的探索，与其严密的兄弟会式组织形式，而显得与同时期其他学派有显著的不同，在西汉独尊儒术之后，他们就转入地下了，和西方诺斯替的命运类似。但是他们的知识仍然启发了后来的很多人，让古代中国的工艺技术一度很兴盛。而阴阳家与道家则继承和发展其中的神秘学部分。
【【【③蛰伏时期】】】
这始于基督教命运的转变而带来的强大影响，在取得官方的支持后，欧洲的神秘主义与古代科学都被打压而变得停滞，同时因西罗马被哥特人毁灭，政治与宗教中心东迁至拜占庭的君士坦丁堡，那些神秘学团体则逃至了基督教势力之外的阿拉伯人那里，并且与南亚的印度一同继承了其哲学与知识，直到中世纪结束后，这些神秘主义与科学的思想再次返回了欧洲，并且在日耳曼人的国度中复兴。
===基督教的崛起===
本来共济会理念的母体——诺斯替主义与早期基督教是关系是非常紧密的，早期基督教的产生有来自东方宗教的影响，比如拜火教与当时的婆罗门教、早期佛教的元素，持各种教义的派别很多，那些石工们所信奉的自然会是其中神秘主义倾向的派别。当时罗马帝国对一切革命性强的能够威胁其统治的宗教都是剿杀的态度，其中就包括了基督教与摩尼教，说明那时候的基督教教义与后来的版本肯定有很大差别，会是个反抗性很强的宗教。
改变就在313年，东罗马皇帝君士坦丁下达米兰赦令，基督教在罗马帝国合法化，而公元325年的第一次尼西亚大公会议上，罗马皇帝要求所有教派统一意见，帝国内的基督徒都要听从持三位一体教义的罗马教会，否则就是异端。
罗马教会在被罗马皇帝推举到至高无上的地位后， 对神秘学的研习与对自然科学的探索被认为是对神不敬的，所有帝国内的“异端”都被打压，那些掌握数字几何学的古代石匠因为需要为教会修建大教堂而没有被完全剿杀，允许其存在，但是石匠们对自己的信仰是不容易放弃的，因此他们组成秘密结社，开始组织化，并发展出了后来的一系列符号暗语与秘密手势。当时他们的主要活动地区在教会势力薄弱的边缘地区，比如不列颠。
===共济会在早期的欧洲石匠组织中孕育着===
十字军东征之前，在欧洲主要是封建君主的权力驾驭一切，教会是用来维持帝国统治的，君主们对于基督教以外的“异端”打压并不积极，这给了神秘主义组织发展的一些机会。在欧洲的石匠们有着自己独特的宇宙观，它是基于神圣的几何学，而非圣经教条，尤其是苏格兰的石匠组织，是后来蜕变为现代精神性的共济会前的主体。因为当时封建制度的牢固性，使他们只能以建筑业石匠的身份存在，但是又因为封建领主们经常互相征战，需要修建大量的防御工事，因此双方又是很和睦的关系，并且给予石匠们自由民的身份（即“Free-Mason”,自由石匠一词的由来），可以根据工作在欧洲各国间随意旅行迁徙，这种密切合作似乎在英国成为了传统而延续下来，在英国共济会初期就有大量的王室成员。依靠共同的信仰，他们在会内十分团结，使用秘密的握手方式与肢体语言、符号象征来表示身份。并且他们也是最早实践民主制的，无论职位高低，均以兄弟相称，会内领导的选举都是公投，依此发扬同舟共济的精神。这种人人平等的传统在18世纪启蒙运动时期的欧洲思想界中发扬开来。
此外，由于古代主要的神秘学团体在基督教崛起之后大都已经东迁，在阿拉伯人兴起之后，那些古代奥义哲学就随着远征军被带到了北非，摩洛哥成为了中世纪后期的另一个神秘学中心，尤其是在当地炼金术的发展，在12世纪从这里传播到了欧洲大陆的伊比利亚半岛，此后玫瑰十字会的兴起中，就得益于炼金术的知识与教理。
===中世纪时期欧洲的政治格局===
395年东罗马与西罗马分裂，476年，西罗马被西哥特人灭亡，东罗马帝国继续控制地中海东部，古典时代的希腊罗马文化也随之东迁。
拜占庭帝国的徽章为双头鹰，通俗的含义解释为表示帝国地跨欧亚的特征。共济会苏格兰礼33°徽章为拉格什双头鹰(The Double-Headed Eagle of Lagash）其中可能有拜占庭的渊源，但是共济会传记作家曼利·P·霍尔认为该双头鹰象征人的性格是体内男性化与女性化元素调和的结果，个人觉得他的观点是更准确的。
===持有古代奥义的神秘学社团东迁与新兴的伊斯兰文明===
古典时代的神秘学团体和犹太人也逃到了阿拉伯人的世界，阿拉伯人传承了古希腊罗马的许多文化与知识，其中包括占星术与炼金术的继承和发展，当然还有数学，并且将古希腊数学进一步发展，成为近代欧洲自然科学复兴的基础。而巴比伦（即现在的巴格达）成为当时中东的神秘主义哲学的学术中心，直到蒙古人在13世纪对这座城市进行了毁灭性的掠夺与破坏之后，阿拉伯文化才逐步走向了衰落。还有一点需要注意的就是伊斯兰教兴起之前的中东盛行拜火教与多神信仰，其他的宗教如基督教东方教会与摩尼教等混杂在一起。
伊斯兰教于7世纪兴起之后，随着阿巴斯帝国的崛起迅速席卷亚非大陆，很快就将阿拉伯半岛、两河流域、土耳其、高加索、伊朗高原、中亚、印度河流域、埃及、东非、马格里布、以至于伊比利亚半岛都纷纷伊斯兰化，当时的阿巴斯哈里发王朝对其他文化奉行开放和宽容的政策，支持发展自然科学，曾多次派遣使者前往君士坦丁堡借阅古希腊的许多哲学著作，尤其是亚里士多德的作品，并对其就行了大量翻译，其中的新柏拉图主义甚至影响了伊斯兰的一个重要分支的产生——奉行苦修和神秘主义的苏菲派。因着这些开明政策，伊斯兰文化迎来了黄金时代，这与当时中世纪欧洲的情况则恰恰相反，阿拉伯文化开始领先于欧洲。除了文化与宗教的威胁，阿拉伯帝国的持续扩张也让罗马教廷甚是恐惧，但是在7-11世纪伊斯兰教诞生初期的四百年里，他们对其却是束手无策，这原于中世纪欧洲的连年混战，不过那时候的教会其实要比十字军东征时期以以后的状况好些，那时候的教会只不过是被政治左右，思想激进，但是内部并未有严重的腐败问题。
虽然后来的正统派教义成为伊斯兰教主流，但对于神秘主义的态度还是很宽容的，其中最大的一个神秘主义教派就是苏菲派。并且伴随着帝国的扩张，欧洲的神秘主义在伊比利亚半岛后来被摩尔人所复兴，成为欧洲炼金术的一个起源。除了中东，另外一个就是古老的神秘主义者的乐园，南亚。一直到伊斯兰化以后，神秘学的知识在这里一直都不曾被中断，因此印度和阿拉伯一同成为欧洲神秘主义浩劫的避风港，也成为中世纪结束后神秘主义在欧陆复兴的一个起源地。
而在后来的十字军东征时期，战争反而又促进了密切的文化交流，正是对先进的伊斯兰文明的学习，意大利兴起了文艺复兴，此后的影响力连锁反应促使欧洲结束了漫长的中世纪宗教与皇权至上时代，人类文明正缓步踏入启蒙的人文主义时代。
